Este periodo transcurre generalmente como una etapa previa al diagnostico de la Enfermedad Celíaca; los pacientes presentan síntomas intestinales muy evidentes que repercuten en su estado general.

También pueden aparecer en el transcurso de la enfermedad como consecuencia de alguna trasgresión del celíaco ya diagnosticado.

En esta etapa el paciente reencuentra con una marcada intolerancia alimentaría que se manifiesta con la aparición de diarrea. Durante este periodo los alimentos deben seleccionarse cuidadosamente para que el intestino pueda absorber los nutrientes de la mejor forma posible, evitando la diarrea y la esteatorrea (eliminación de grasas por materia fecal) que perturban el estado de nutrición.

En numerosos pacientes la actividad de dos enzimas (lactasa y sacarasa) también se hallan reducidas; en estos casos se debe de suprimir de la alimentación la lactosa (azúcar de la leche) y el azúcar común.