Mediante un examen clínico cuidadoso y un análisis de sangre, que incluya los marcadores serológicos de enfermedad celíaca (anticuerpos antigliadina, antiendomisio y antitransglutaminasa tisular) se establece el diagnóstico
de sospecha de la enfermedad. El conocimiento reciente de diferentes formas clínicas de enfermedad celíaca (clásica, atípica, silente, latente, potencial, etc.), ha venido a demostrar que no siempre se puede establecer un diagnóstico clínico o funcional de la enfermedad celíaca. Por ello, para el diagnóstico de certeza de la enfermedad celíaca es imprescindible realizar una biopsia intestinal. Dicha biopsia consiste en la extracción de una muestra de tejido del intestino delgado superior para ver si está o no dañado. Para realizar esta prueba es necesario que no se haya retirado el gluten de la dieta

IMPORTANTE
El diagnostico de la Enfermedad Celíaca es una responsabilidad de los médicos (sean o no especialistas), aun en los individuos asintomáticos.
Una actitud activa permite prevenir las posibles complicaciones que suelen sufrir estos pacientes sin diagnostico y que resultan ser similares a los que tienen los pacientes que saben que son celíacos y no respetan la dieta. Este riesgo de padecer complicaciones desaparece al retirar (de forma total y de por vida) esos cereales de la alimentación.
La Enfermedad Celíaca es una condición de intolerancia tratable, pero no es curable.